Metody chemické syntézy peptidů zahrnují syntézu peptidů v roztokové -fázi a syntézu peptidů v pevné -fázi. Syntéza peptidů ve fázi roztoku- zahrnuje spojení aminokyselin v roztoku; typicky postupuje v C-konci k N{5}}konci a je vhodný pro syntézu krátkých peptidů (např. těch, které obsahují méně než 10 aminokyselin). Běžně používané ochranné strategie zahrnují metody BOC (terc-butyloxykarbonyl) a Z (benzyloxykarbonyl). Tento přístup nabízí výhody, jako jsou nižší náklady a snadné{12}}rozšíření, ačkoli vyžaduje čištění meziproduktů. Používaná primární kopulační činidla jsou karbodiimidového typu (např. DCC); tyto však mohou vyvolat racemizační vedlejší reakce, které mohou být potlačeny přidáním aditiv, jako je HOBt.
Základní princip syntézy peptidů v pevné -fázi zahrnuje imobilizaci C-koncové aminokyseliny peptidového řetězce na pevný nosič (jako je pryskyřice). Peptidový řetězec se pak progresivně prodlužuje řadou opakujících se kroků zahrnujících deprotekci, aktivaci a kopulaci; směr syntézy obecně postupuje od C-konce k N-konci. Hlavními používanými ochrannými strategiemi jsou metody BOC (terc-butyloxykarbonyl) a Fmoc (9-fluorenylmethyloxykarbonyl), přičemž metoda Fmoc se ukázala jako dominantní přístup díky svým mírným reakčním podmínkám. Běžně používaná vazebná činidla zahrnují jak činidla karbodiimidového -typu (např. DCC), tak oniové soli (např. HBTU). Po syntéze musí být peptid odštěpen-typicky pomocí činidel, jako je TFA nebo HF, aby se eluoval z pryskyřicového nosiče.
Výběr metody syntézy peptidů závisí na délce peptidového řetězce a specifických vlastnostech jeho sekvence: syntéza na pevné -fáze nabízí vysokou účinnost a je snadno přístupná automatizaci, takže se dobře -hodí pro syntézu středně dlouhých- peptidů (např. přibližně 30 aminokyselin); naopak syntéza v roztoku-fázová syntéza je vhodnější pro produkci krátkých peptidů. Pro „obtížné“ peptidy,-jako jsou sekvence náchylné k agregaci nebo ty, které obsahují specializované aminokyseliny-, lze použít alternativní strategie, jako je pseudoprolinová metoda nebo ochranné metody typu *ortho*-hydroxybenzyl{11}}.